农村污水处理设备公众参与存在的问题主要是虽然目前在农村污水处理设备中建立了公众参与机制，但公众参与并未发挥应有的作用。公众参与机制的不健全，阻碍了农村污水处理工作的深入进行，使农村污水处理陷入困境。

农民环保意识还停留在较低的水平，大多数农民认为自己习惯了直排的方式，造成的水体污染只需要靠政府去治理。这种长期以来形成的农村生产生活陋习和落后观念没有得到及时纠正，长期对农村环境造成污染，使得农村水环境日益恶化。